El estado de Yucatán logró conseguir la independencia y obtener su autonomía durante dos periodos de la historia del país, sin embargo, generalmente se recuerda el momento en el que se convirtió en la República de Yucatán, periodo que hace referencia a la época entre 1840 y 1848.
Hacia 1841, de acuerdo con información del Gobierno de México, en el país se vivía un conflicto político entre las personas que apoyaban el gobierno de corriente centralista y quienes preferían una forma que defendía la división de poderes, dando autonomía a los estados.
El gobierno centralista facultaba al Presidente para designar gobernadores así como otras decisiones de los estados, pero Yucatán era uno de los que mostraba su descontento contra dicha forma de dirigir.
Durante el gobierno centralista, el Congreso del Estado rompió relaciones con México en tanto se reestableciera el régimen federal.
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Para el primero de octubre de 1841, la Cámara de Diputados local aprobaba el "Acta de Independencia de la Península", estableciendo que “el pueblo de Yucatán, en el pleno uso de su soberanía se erigía en república libre e independiente de la nación mexicana”.
En aquel momento, según la información compartida por el Instituto Nacional para el Federalismo y el Desarrollo Municipal, la Península abarcaba los estados de Campeche, Yucatán y Quintana Roo.
En su posición, el gobierno de México rechazó la independencia del estado, así que envió una avanzada militar para enfrentar a los separatistas en lo que hoy se conoce como Hacienda Pacabtún en Mérida.
La presencia militar provocó el cierre del comercio entre los puertos yucatecos y mexicanos, afectando la economía de la península.
Finalmente, el 5 de diciembre de 1843, Antonio López de Santa Anna, quien entonces era presidente, firmó los convenios que otorgaban a Yucatán la autonomía plena, con la condición de que se reintegrara al territorio nacional.
Después, a finales de 1845, los convenios fueron suprimidos y el 1 de enero de 1846, la Asamblea Legislativa de Yucatán declaraba nuevamente la Independencia de la Península del territorio mexicano.
Este segundo periodo independiente duró poco debido a la crisis generada por la "Guerra de Castas" entre mayas y mestizos, lo que obligó al gobierno yucateco a pedir ayuda militar al gobierno mexicano, a cambio de la reincorporación.
Entonces, para 1848, el gobernador Miguel Barbachano envió una comisión ante José Joaquín Herrera para tratar el asunto y el gobierno de México le remitió armas, así como dinero para terminar con la guerra, con lo que Yucatán se reincorporó a la federación mexicana, cerrando el capítulo separatista.